U Službi se izvode financijsko-računovodstveni i analitičko-planski poslovi za potrebe Zavoda. Služba redovito podnosi izvještaje ravnatelju, Upravnom vijeću, Gradu Zagrebu, Ministarstvu zdravlja, HZZO-u, HZJZ-u, kao i drugima po posebnim zahtjevima.
Voditeljica Odjela: Ana Mikuš, dipl. oec.
U Odjelu se izvode poslovi fakturiranja, likvidature, platnoga prometa, gotovinskoga plaćanja i knjiženja na kontima kupaca i dobavljača.
Voditeljica Odjela: Sanja Kovačević, dipl. iur.
Odjel za nabavu i komercijalne poslove zadužen je za provođenje postupaka nabave roba, radova i usluga te za pripremu i realizaciju svih nabava potrebnih za redovito poslovanje Zavoda, samostalno ili u suradnji s Gradskim uredom za financije i javnu nabavu Grada Zagreba.
Također obavlja poslove pripreme ponuda za pružanje usluga Zavoda te vodi skladišne poslove koji obuhvaćaju zaprimanje, skladištenje i izdavanje materijala, roba, sitnog inventara i alata.