Centar za integrirani sustav upravljanja razvija i koordinira procese u svim službama u Zavodu u skladu s međunarodnim normama za upravljanje.
Integrirani sustav obuhvaća upravljanje kvalitetom, upravljanje okolišem, upravljanje sustavom zaštite zdravlja i radom na siguran način upravljanje kvalitetom i osposobljavanje osoblja u ispitnim i medicinskim laboratorijima za akreditaciju prema propisanim normama.
Navedeni poslovi obuhvaćaju vođenje projekata uspostave sustava kvalitete, osiguranje nadzora uspostavljenog sustava kvalitete, planiranje ulaganja u kvalitetu, odlučivanje o tehničkim inovacijama osiguranja kvalitete, organiziranje internih audita, planiranje osposobljavanja i usavršavanja djelatnika za osiguranje kvalitete, provođenje mjera za stalno poboljšanje sustava kvalitete.
Tijekom školske godine 2015./2016. Nastavni zavod za javno zdravstvo „Dr. Andrija Štampar“ prijavio se za sudjelovanje u međunarodnom programu Eko-škola kojeg je razvila Zaklada za odgoj i obrazovanje za okoliš (Foundation for Environmental Education – FEE).
U okviru redovne interne edukacije za sustav upravljanja okolišem provodi se program Eko škole za zaposlenike Zavoda, pripravnike i vježbenike. U svibnju 2016-te godine proveden je audit za stjecanje Povelje Eko-škole i dobivanje Zelene zastave. Program se službeno počeo provoditi od 1994. godine u Danskoj, Njemačkoj, Grčkoj i Velikoj Britaniji. Danas Eko-škole se provode u više od 59 država svijeta koje povezuju više od 46 000 škola.
Međunarodne Eko-škole su program osmišljen za provedbu smjernica odgoja i obrazovanja za okoliš. Nacionalni koordinator Eko-škola u Republici Hrvatskoj je Udruga Lijepa naša, a škole se nagrađuju Zelenom zastavom sa znakom Eko-škole, dobivaju certifikat Zaklade za odgoj i obrazovanje za okoliš, pravo na znak Eko-škole te stječu mogućnost medijske promidžbe u Hrvatskoj i svijetu.
Moto Eko-škole Zavoda je: „O odvajanju otpada u Zavodu dileme nema, sve se na označena mjesta sprema!“. Dan Eko-škole obilježava se zadnjeg utorka u veljači na Stručnom sastanku zaposlenika Zavoda uz prezentiranje godišnjih pokazatelja integriranog sustava upravljanja prema Modelu Štampar.